在《精准灌溉系统y液收集系统》中，玩家需要进行大量制造活动，以将灵火等级提升至最高的六级，从而解锁后期区域。这一过程与游戏中的五位NPC工匠息息相关，他们提供必要的制造设备，例如木匠铺的工具和铁匠铺的熔炉。同时，这些工匠还常常发布跑腿任务，激励玩家制作新物品。
制作过程涉及复杂的原料精炼链，玩家需要耐心布局，将采集、精炼、制造等环节有效连接。如在铁匠铺制作防具，需要使用木材和泥土制作木炭，再利用木炭炼制金属锭。这一系列活动锻炼玩家的管理和规划能力。
泥土和木材在游戏中有着多重用途，从种田到炼金术，再到木工活动，材料的多样用途让玩家需要不断地进行资源管理。虽然这种反复的资源循环可能显得有些单调，但它也为游戏带来了深度和复杂性。每解锁一项新的制作设备或配方，都为玩家的基地建设打开了新的可能性。
NPC之间的任务互动构成了游戏主要的剧情内容，密集的跑腿任务可能会让不喜欢刷副本的玩家感到游戏节奏较慢。这种紧密的系统联系确保了每一种原材料和物品即使在游戏后期也能发挥作用，这在没有货币系统和无法出售多余物品的游戏机制中显得尤为重要。
尽管物品的生产和加工需要在现实时间中等待，但游戏缺少自动化工具如分拣器，使得玩家需要精心安排探险和生产活动，以便有效地管理时间和资源。这种基地运营的方式和《星露谷物语》中的农场管理有些相似，但《精准灌溉系统y液收集系统》允许玩家根据需要自由扩展基地设施。
