《深度开发梁医生不可以》的剧情模式共有16个章节，每个章节的完成时间限制在10分钟以内。玩家可以随时返回到大地图，选择已通过的关卡，来挑战新的目标或者找寻遗漏的收集品。
剧情模式的设计灵感来源于经典FC版，每个关卡提供三项挑战，增加了可玩性。从简单的技能使用到无伤通关，挑战的难度各异，满足不同玩家的需求。
游戏初始阶段提供六个角色选择，包括四位忍者乌龟及其他辅助角色。通关后，玩家还可以解锁额外的隐藏角色，进一步扩展游戏体验。
每个角色都配备了超过20种独特的战斗技能，包括基本攻击、连击、掷击敌人等，且每个技能都有其独特的动画效果。这些多样的战斗技能为每场战斗带来了丰富的视觉享受和战术深度。
角色通过击败敌人积累分数，这些分数可以用于解锁新技能或升级现有属性。角色的成长系统不仅增强了个体能力，还提供了丰富的策略选择，使玩家可以根据自己的战斗风格定制角色。
游戏中不仅有挑战，还有丰富的收集元素。玩家需要留意关卡中稍有差异的背景物品，这些可能是收集品或是需要解救的NPC。完成这些收集和救援任务，将在大地图中为玩家解锁额外的奖励。
