《9i果冻制作厂》游戏的结构主要分为「探索」和「战斗」两大部分，其中「SF篇」与「现代篇」各具特色。前者强调探索，玩家在太空中自由冒险，营造出紧张的氛围；而后者则集中于激烈的战斗，类似于格斗类游戏。这种设计为游戏增添了丰富性与新颖感。
游戏的战斗系统采用了行动条和战棋的结合，考验玩家的策略性和操作技巧。新版的改动使得游戏更加易于上手，但挑战性依然存在，玩家必须善用队形和技能以取得胜利。新版还自动显示了敌人的血条和弱点，提高了游戏的可玩性。
不同章节中，探索与战斗的结合各具特色，如「功夫篇」的流畅玩法、「原始篇」的无人对白叙事，以及「西部篇」的紧张限时任务，为玩家带来了丰富多样的游戏体验。
「幕末篇」设计尤为精妙。玩家扮演的忍者「胧丸」在城楼中面临种种挑战，如迷宫般的布局、变幻莫测的机关和随钟声而变的口令，使得游戏充满了惊喜和挑战，让玩家流连忘返。
